2008年端午节是首个调整为法定节假日的端午节。为方便来往深港两地探亲访友的旅客，深圳沙头角边检站开通了端午节乡情通道。香港旅客返乡探亲、内地旅客持探亲签注过关时可以从该通道快速通关。

考虑到深圳近来连日大雨，旅客出行不便，该站特意在巴士上、下客点设置了临时雨棚，并配备充足便民伞，供旅客使用。